National LifeScience Supercomputer

Centeret foretager genetiske analyser af prøver fra patienter. Medarbejderne anvender sekventeringsmaskiner til at omdanne prøverne til digitale data, som de derefter analyserer på DeiCs supercomputer Computerome ved Risø. En ny maskine gjorde det nødvendigt at få en direkte, lynhurtig forbindelse til supercomputeren.

Hos Kræftens Bekæmpelse foregår kræftforskning ikke udelukkende i laboratorierne, men også bag computerskærmen. Her bruges nemlig en supercomputer til at analysere kræft hos mennesker. 

Forskerne har indset, at hvis de skal forstå de molekylære mekanismer bag udviklingen af kræft og udvikle nye og bedre behandlingsformer, så er der brug for både informatikere og meget kraftige supercomputere. Derfor har Kræftens Bekæmpelse udvidet forskningsafdelingen til også at omfatte en større gruppe bioinformatikere, der arbejder side om side med de eksperimentelle forskere.

Rigshospitalets Center for Genomisk Medicin undersøger patienternes gener for at finde ud af, hvad de fejler og hvordan de skal behandles. Det kræver en masse computerkraft at analysere de enorme mængder data. Derfor har Rigshospitalet valgt at benytte den Nationale Supercomputer Computerome, både til forskning og til den daglige drift med lagring og analyser af de genetiske data.

En artikel i det ansete videnskabelige tidsskrift Nature er seneste resultat af forskningsprojektet Genome Denmark, der begyndte i 2012. Formålet var at opbygge et referencegenom over danskernes arvemasse.

Hvordan kan jeg anvende supercomputere i min forskning?

Det spørgsmål vil DeiC gerne hjælpe forskere med at besvare. Derfor indbyder DeiC eScience kompetencecenter sammen med de nationale supercomputercentre forskere til temadag om supercomputere den 7. november på DTU.

På dagen er DeiCs tre nationale supercomputere repræsenteret: Abacus 2.0 ved Syddansk Universitet i Odense, Computerome ved DTU Risø og Kulturarvsclusteret ved Statsbiblioteket i Aarhus.

"Hvad kan vi lære af oldtidsgenetik?" Det er titlen på den afsluttende keynote på DeiC konference 2016, der finder sted i Kolding 4.-5. oktober.

Indlægget holdes af en Danmarks førende eksperter på området, professor Eske Willerslev fra Center for GeoGenetik under Statens Naturhistoriske Museum, Københavns Universitet.

Nogle bakterier kan direkte sprøjte proteiner ind i andre celler for at inficere dem. Det gælder fx klamydia, salmonella og listeria. Videnskaben har ganske godt styr på, hvordan indsprøjtningsfunktionen fungerer – men man ved mindre om, hvilke proteiner der bliver injiceret, og hvilke signaler de giver cellen.

Det forsøger et DeiC pilotprojekt nu at afdække.

Ved konferencen Version2 Datacenter modtog DeiC Nationale LifeScience Supercomputer, DTU (Computerome), prisen som Årets grønne datacenter. Prisen er indstiftet af Version2, kommunikationsfirmaet Frontal og energirådgivningsvirksomheden E|Optimo.

Forud for prisuddelingen gik en online konkurrence, hvor man kunne nominere og stemme på datacentre. Her fik en løsning fra NNIT flest stemmer.

Et forskningsprojekt vil kortlægge HLA-generne (humant leukocyt antigen) ved hjælp af DeiCs nationale life-science supercomputer.

HLA-systemet er med til at bestemme, om en organtransplantation lykkes. Hvis der er for store forskelle mellem HLA-molekylerne hos patienten og i transplantatet, kan det blive udstødt. Derfor er det vigtigt at kunne typebestemme HLA-systemet. Hvert individ har sin egen bestemte kombination af HLA-molekyler.