De danske nationale supercomputere blev etableret tilbage i 2014 og 2015, til fælles nytte og gavn, og for at dansk forskning fremadrettet kunne udøve forskning i verdensklasse.
DeiC følger nøje den udvikling af brugere og forskning som anvender de nationale supercomputing anlæg, også kaldet High Performance Computing (HPC). Tre nationale HPC-anlæg blev dedikeret til hhv. Life Science (Computerome), multidiciplinær forskning (ABACUS2.0) samt samfundsvidenskab og humaniora (Kulturarvsclusteret).
Det er den korte beskrivelse af denne video, der på fineste vis beskriver og fortæller, hvordan Danmarks kraftigste life-science-supercomputer regner på eksempelvis præcisionsmedicin til forbedring af folkesundheden.
High-performance computing (HPC) er en meget specialiseret disciplin, hvor eksperterne til tider kan tale i et teknisk sprog, der kun er for de indviede, men i videoen bliver det komplicerede stof forklaret på en forståelig og underholdende måde, uden at indholdet bliver udvandet.
Centeret foretager genetiske analyser af prøver fra patienter. Medarbejderne anvender sekventeringsmaskiner til at omdanne prøverne til digitale data, som de derefter analyserer på DeiCs supercomputer Computerome ved Risø. En ny maskine gjorde det nødvendigt at få en direkte, lynhurtig forbindelse til supercomputeren.
Hos Kræftens Bekæmpelse foregår kræftforskning ikke udelukkende i laboratorierne, men også bag computerskærmen. Her bruges nemlig en supercomputer til at analysere kræft hos mennesker.
Forskerne har indset, at hvis de skal forstå de molekylære mekanismer bag udviklingen af kræft og udvikle nye og bedre behandlingsformer, så er der brug for både informatikere og meget kraftige supercomputere. Derfor har Kræftens Bekæmpelse udvidet forskningsafdelingen til også at omfatte en større gruppe bioinformatikere, der arbejder side om side med de eksperimentelle forskere.
"Dansk registerforskning har en førerposition på verdensplan. For at sikre den skal forskerne have bedre muligheder for at kombinere data fra flere dataansvarlige. Pilotprojektet på Computerome er første skridt på vejen," sagde projektleder Jeppe Klok Due fra KOR på DeiC konference 2017.
Hvad betyder sociale forhold for risikoen for, at en person udvikler skizofreni? Hvilket uddannelsesniveau havde vedkommendes forældre?
Rigshospitalets Center for Genomisk Medicin undersøger patienternes gener for at finde ud af, hvad de fejler og hvordan de skal behandles. Det kræver en masse computerkraft at analysere de enorme mængder data. Derfor har Rigshospitalet valgt at benytte den Nationale Supercomputer Computerome, både til forskning og til den daglige drift med lagring og analyser af de genetiske data.
"Computerome var en afgørende faktor for, at det lykkedes os at danne et referencegenom, der er blandt de mest detaljerede i verden," siger lektor Bent Petersen, DTU Bioinformatik.
En artikel i det ansete videnskabelige tidsskrift Nature er seneste resultat af forskningsprojektet Genome Denmark, der begyndte i 2012. Formålet var at opbygge et referencegenom over danskernes arvemasse.
Supercomputing i Danmark er titlen på en serie podcasts fra DeiC eScience kompetencecenter. Hvert podcast fortæller om supercomputere og hvordan danske forskere bruger dem.
"Formålet med Supercomputing i Danmark er at give forskere mulighed for at dele deres erfaringer. Hvad gør supercomputerne for deres forskning, hvordan bruger de dem?" fortæller kompetencecenterchef Lene Krøl Andersen, DeiC.
Målgruppen er primært forskere, men it-folk og eScience-ingeniører kan også lytte med. Formen er populærvidenskabelig.
Biomedicinske forskere fra Aarhus Universitets Institut for Biomedicin og Bioinformatics Research Centre (BiRC) anvender to computersystemer: Et cluster i Aarhus ved navn GenomeDenmark og DeiC-supercomputeren Computerome, der står hos DTU Risø.
De to systemer bruges blandt andet i forskningsprojektet iPSYCH, der undersøger sammenhængen mellem genetik og psykiatriske lidelser.
